1894年，甲午戰爭清帝國戰敗，將台灣割讓予日本，台灣官紳為抗拒接收，建立了台灣民主國。日軍於5月29日從澳底登陸，在北台灣幾乎都不戰而勝，直到進軍南台灣與原住民區域才面臨到激烈的抵抗，各地抗日勢力風起雲湧至1902年。
這場台灣歷史上涉及範圍最廣、深入鄉村最深刻的戰役，被稱爲乙未戰爭（1895年5月29日－1895年10月21日）。
▌甲午戰爭：清帝國割讓台灣
1894年，清日之間爆發甲午戰爭，決定了東亞局勢的變遷。清帝國派遣大批增援部隊馳抵台灣，黑旗軍首領劉永福奉詔主持防務，更以台灣布政使司唐景崧接替邵友濂的巡撫職務。隔年，清帝國在朝鮮半島與東北戰況失利，擔心澎湖群島與台灣不保，意圖私下將台灣獻納給英國，以免落入日本手中。
然而，為避免引發國際紛爭，英國外相直接拒絕。法國政府風聞此事，隨即派遣兩艘船艦前往馬公，並呼籲當地清吏交出澎湖群島的指揮權。
1895年3月22日，日艦開抵澎湖，並於26日攻略澎湖群島，清日之間在日本本州西端的下關展開談判，最終兩國簽訂《馬關條約》，清帝國同意割讓遼東半島、台灣與澎湖群島，並大量賠款。
台灣島上頓時陷入無政府狀態，巡撫唐景崧隨即告知駐留島上的各國領事，軍隊已經失控，政府無法保護外僑，並呼籲列強介入調停。當時台灣社會部分官民組織代表團前往北京，向皇帝遞交陳情書，請求清帝國力保台灣，或獻納給英國政府管理。
▌台灣民主國：亞細亞的孤兒
清帝國割讓遼東半島，牽涉列強利益而被俄德法三國干涉歸還。此事激起南方大吏張之洞等人的希望，策動清帝國在台官吏演出「台灣民主國」戲碼，由曾駐法的陳季同協助仿照法國共和，獨立宣言、設立議院，甚至國旗一應俱有。
1895年5月20日，唐景崧讓公民議會宣告台灣獨立，並接任年號爲「永清」的台灣民主國大總統之職。
駐紮台北的台灣民主國軍隊，以清帝國招募而來的軍人為主（包括在廣東招募的廣勇、湖南的湘勇），搭配少數的台灣義勇所組成。
然而，台灣民主國僅是一種期待外國干涉的外交手段，並非真是出自台灣民眾的公意，期待的列強干涉也未曾發生，當時台灣真的成為「亞細亞的孤兒」。
▌日軍於澳底登陸
日本明治天皇任命北白川宮能久親王率領3000名日軍，於1895年5月29日在台灣東北角的澳底登陸。駐守澳底與三貂嶺的清帝國千人守軍，竟未發一彈就立刻攜械逃亡。日軍3天後便開始進攻雞籠（現在的基隆），守軍隨即逃竄，導致台灣北部防線全面崩潰。
許多高喊誓死抗日的清帝國官員與商人，爭先恐後地逃回對岸，在日軍尙未進入台北城之前，據聞唐景崧已賄絡士兵偷偷搭船逃回廈門，百餘名台灣的知識份子乃以新政府之名，移駐台南，抗拒日軍的接收，並改以劉永福接任大總統之職。
此時，台北城爆發劫掠事件，超過2500人以上的難民湧入停泊淡水港的國營汽輪亞士輪號（the Arthur），岸上的官兵卻不讓汽輪出發，依當時駐淡水的海關稅務司美裔人士馬士（Hosea B.Morse，1855-1934）的理解，「引發此舉的因素如下，官兵認為清吏毫無理由可棄他們而去，他們尚未獲得軍餉，清吏怎可攜款登船，官兵懷疑船上的共和國文官身懷被侵吞的公款」。
就在危急之際，船上乘客派出代表，請託馬士進行協調，讓船隻順利啟航。淡水堡壘的指揮官要求馬士交出5000海關兩，以為贖金，交換船隻與船上乘客，同時他也要登船。馬士乃以手邊的茶葉稅4500海關兩交付，餘額則以私費補足，亞士輪號乃得以駛離。
▌日軍入台北城：台灣始政紀念日
失控的前清帝國殘兵，包含將領李文奎（原爲河北土匪，從淮軍渡台，居唐景崧麾下）在內，於台北城內劫掠燒殺的情況日益嚴重，城中仕紳見此情形決議自力救濟，並商請城内洋商邀請日軍入城維護秩序。
日軍在彙整各方情報之後，統帥北白川宮下令軍隊於1895年6月7日清晨進入台北城内。日軍進城期間並未遭受武力抵抗，僅花了十天時間就全面佔領台北城並恢復城內治安與秩序。日本政府隨後也將全面佔領台北城的這天（6月17日）訂爲「台灣始政紀念日」，開啟日本在台灣長達半世紀的統治。
▌日軍往南台灣推進
1895年10月，日軍開始往南台灣推進，從澎湖群島出發的一支部隊在台南以北40海浬處登岸；12日，3艘日本軍艦出現在打狗的堡壘前方；其餘的部隊則在名將乃木希典指揮下，登陸枋寮。此時劉永福的部隊已撤往台南安平，18日他竟喬裝成懷抱嬰兒的婦人逃往對岸廈門。
19日，乃木將軍率部隊行經今彰化縣南端的埤頭，並圍剿劉永福所留下的殘軍。而安平的英籍海關稅務司則順利說服了當地的民主國士兵放下武器，堆放於海關役所。
此時，台南地方士紳向滯留於該地的3名傳教士尋求協助，替他們向日方進行斡旋，因爲台南已進入無政府階段，民眾擔心不久之後台南會陷入燒殺劫掠的局面。
20日，英籍長老教會傳教士巴克禮（Thomas Barclay，1849-1935）與宋忠堅（Duncan Ferguson，1860-1923）陪同17名當地民眾前往郊外與日本軍隊會面。
當日軍得知劉永福已逃亡，以及台南人請求他們和平入城的來意之後，乃木將軍宣告軍隊將於清晨5點出發前進台南，屆時則請巴克禮與15名民眾走在部隊前方導引，並請人先打開城門。最後日軍順利進駐台南城，亦代表「乙未戰爭」塵埃落定。
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編纂：林志鴻（新台灣和平基金會專員）