李鄭屋古墓過去並沒有採取過任何保護措施，初時古墓的外圍只是一個長滿草的小山坡，直至到1990年代後期，市政局參考了香港大學林仰山教授等考古學家的建議，墓葬四周用鋼筋混凝土加建了外殼，同時在墓內裝設空氣調節及抽濕裝置以控制濕度，保護漢墓免受風雨侵蝕。古墓於1988年12月被列為香港法定古蹟，正式受古物古蹟條例保護，永久保存。康樂及文化事務署的文物修復組亦會定期到古墓進行測檢工作，以確保古墓的狀況完好。
後來於2005年，為了紀念漢墓出土50週年，康樂及文化事務署至1月起開始進行一系列的復修工程，耗資達100萬港元。復修工程包括於墓室頂部加建一個以聚四氟乙烯物料製成的天幕，防止雨水滲漏，以及在墓室的羨道門口安裝玻璃牆，減少人流進入，以穩定漢墓內的溫度和濕度，減緩墓室的損耗。因此，今日李鄭屋古墓的墓室並不對外開放，市民只能透過玻璃一窺探墓室的內部結構。雖不能進入墓室內實為可惜，但為了保護古墓，此舉也是必要的。若然市民想對李鄭屋東漢古墓有更深的了解，亦可到李鄭屋東漢古墓博物館的展覽館及出土文物的陳列室參觀。展廳亦添置多媒體設備，以互動方式介紹漢墓。
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