有毒的子弹结束了宋教仁年轻的生命，但是从没有结束“是谁杀了宋教仁”的疑问。百年来，幕后凶手都被放在显微镜下一一过目，曾经板板钉钉“证据确凿”的嫌疑者最后似乎也不那么“证据确凿”了，曾经慷慨激昂的同志却在怀疑者的笔下显得“疑点重重”(这就出现了所谓“宋教仁是孙中山派人刺杀的”新话题)。宋教仁到底是被谁派人刺杀的，至今在史学界还有争议，袁世凯是首要嫌疑人。宋教仁被刺身亡后，上海县知事、上海地方检察厅悬赏缉捕，沪宁铁路局也出资悬赏。
宋教仁重组国民党后，努力通过议会斗争实现议会共和。是当时北洋势力和革命党双方都能接受的组阁的最合适人选。实际上，那一刻无论是袁世凯还是孙中山都不会去杀他。
宋教仁的死，怀疑袁世凯，主要因为宋教仁提出“责任内阁”制度，一旦组阁成功并实施，必将大大限制总统的权力，袁世凯也有暗杀人的前科。怀疑孙中山，是因为孙和宋的政见不同，宋教仁是做实事的，孙中山被称大炮，带着浓厚的理想主义色彩。因为黄兴的事，两人闹过矛盾。而且宋教仁如果组阁成功，名望可能会高过孙中山。而且孙中山的追随者陈其美在整个宋教仁被刺杀过程中，难逃干系。
间接证据。第一，凶手武世英为什么会在狱中突然失去。1913年7月前的上海可是革命党控制的地方。袁世凯插不进手。第二：指使杀手武士英的应桂馨还有个身份，曾经是孙中山的卫队长。第三：彼时上海主政者是陈其美，此人暗杀过同为革命党的陶成章，他是孙的坚定追随者。第四：宋教仁和袁世凯私交极好，宋教仁被刺之前是应袁世凯邀请组阁，这次组阁如果成功可以帮助袁世凯解决一系列迫在眉睫的问题。袁世凯不会在这时候杀要帮忙的宋教仁。第五：最可怕的就是，大家去仔细算算，清末民初所有的行刺，哪一件不是革命党人做的。而且被刺的都是好官，无论是清廷还是革命党人。
宋教仁被杀了，袁世凯和孙中山都有责任。因为如果宋教组阁成功。我们不管袁世凯和孙中山是高尚的还是无耻的。追随他们的人都不会高兴的。因为所谓领袖可能为革命可以牺牲一切。但很多追随者更多的是为了利益和权力啊！古往今来，多少从龙之臣硬生生把主子推上皇位的？秦王府的幕僚把李世民硬是推上了皇位；赵匡胤的同僚硬是黄袍加身让其做了皇帝。从后来袁世凯被儿子和幕僚忽悠称帝，从陈其美在上海暴动反袁（二次革命）。其实每个人都在把自己的主子往前推，实际上背后都是为了自己的利益。
孙中山的宣传能力在当时绝对是第一的，说袁世凯因不愿放权而杀害宋教仁，来载赃袁世凯，袁也是百口难辩。孙杀宋，既可以获得党内绝对的领导权，又可以借机讨伐对手袁世凯，怎么看孙中山都是最大的受益者。最后还是用福尔摩斯的话：排除一切不可能的，剩下的即使再不可能，那也是真像。所以说是孙刺杀的。