当然还有其他万户的存在，但是有且仅有一个万户的做法让其他万户厌弃，那便是兀良哈。兀良哈万户地处偏北方，每当蒙古向南对明朝边境
发起进攻时，兀良哈万户就乘机在背后侵袭另外一些蒙古万户，这让被袭击的万户门对兀良哈万户更加愤恨，因此，兀良哈便成为其他万户集体征讨的对象。到了1583年，其他万户在忍受中爆发，把兀良哈万户给击溃了，将其收入。蒙古大汗博迪汗封阿勒坦为索多汗（此为护卫汗庭的小汗之意，与蒙古大汗有原则性的区别），这是阿勒坦称汗之始。
到了16世纪中期，俺答汗作为的右翼蒙古的首领带领着他们顺利征得青海蒙古及青海湖周围的土著部落，并将一部分将士留下在此驻牧，青海湖上广袤的草原成为蒙古的新牧场。16世纪后期，俺答汗还不止一次两次讨伐瓦剌。土木堡之变以后大明朝不仅仅丢掉的是河套地盘，而且在那之后很多汉族农民都散乱的投奔蒙古。之后大明即将要灭亡之际，张家口出塞，再至后套，到处都是汉族村庄。胡化汉人日多。俺答汗还著有列传《阿拉坦汗传》。
俺答汗不仅恢复了土默川的经济而且还在更大程度上发展了它。在“俺答汗封贡”之前，为了能够冲破明朝在经济上的禁锢，解决仅有的游牧经济难以满足自我需要的问题，于是俺答汗决定开始发展土默川的农业生产。在那个时候从事农业生产的基本上都是从山西等地逃入蒙古的汉人和蒙古虏获的汉人，所以到了16世纪七八十年代，农业的发展基本解决了使漠南中西部地区的粮食问题。与此同时手工业也渐渐地有所发展，俺答汗按照失去的大都修建新的城市，建成后，新城被当地人称作“库库和屯”，意思就是“青色的城”。后来库库和屯城发展成为蒙古草原政治、经济、文化的中心。
俺答汗在重建蒙藏关系上还有着一定的贡献，俺答汗想要和西藏宗教搞好关系。就在1578年，蒙古正式接受了格鲁派藏传佛教，俺答汗赠给索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”称号，除此之外他还向上追认了两世，自称为三世达赖，俺答汗还获得了“咱克喇瓦尔第彻辰汗”称号，两人都给予双方最至高无上的称号，以示友好和对双方的尊重，至此蒙藏关系在新的环境下又再一次友好的建立了起来。