何应钦一生最大的争议是“何梅协定”，此事令他本人介怀终生。42年后，已退居台湾的何应钦在《近代中国》季刊上，发表《河北事件中绝无所谓“何梅协定”——请史学家及出版社重视历史的真实性》一文，多方引证，试图证明“何梅协定”并不存在。究竟是一个什么样的协定如何神秘，会弄得当事人在42年后亲自撰文“辟谣”呢？
梅津美治郎
所谓“何梅协定”，何即是指何应钦，梅指日本“支那驻屯军”司令官梅津美治郎。简单来说，此事是《塘沽协定》签订后，日军不满足仅将河北省东北部划为非军事地区，为巩固伪满，企图分裂华北的阴谋。1935年5月，梅津美治郎借口国民政府援助东北义勇军孙永勤部进入滦东“非武装区域”，天津日租界发生两名亲日新闻记者被杀事件，向国民政府北平军分会代理委员长何应钦提出“驱逐东北系及中央势力出华北”的无理要求，并从东北调遣日军入关，进行武力威胁。为了避免惹怒日方，何应钦在得到汪精卫指示后，开始对东北军统帅于学忠做工作，动员他率第51军赴保定，河北省政府也于6月1日迁往保定。此外，何应钦还撤换了天津市市长张廷谔，并经国民政府批准，将北平军分会整训处处长曾扩情、宪兵第三团团长蒋孝先免职，基本落实了日方的要求。
酒井隆
6月4日，何应钦在北平居仁堂再次接见驻屯军参谋长酒井隆与日本驻华公使馆副武官高桥坦，告知他们日方要求落实的情况，一向蛮横的酒井隆根本不买账，先是说中方落实得不够，此后又提出凡是他们认为有排日倾向的个人或团体，均应罢免或调离。会谈中，何应钦强忍怒气，尽量和气地回答日方的问题，即使如此，酒井隆回去的报告中依然说何应钦出言强硬，并要日军准备采取“断然手段之处置”。6月9日，何应钦再次接见酒井和高桥，说明日方提出的5项条件均已办到，但酒井仍不满足，又提出四项条件，并以华北驻屯军司令官梅津美治郎的名义向何应钦提出“觉书”，限三天答复。
战后，根据当时的日本驻北平大使馆武官辅佐官冲野亦男及今井武夫提供的资料显示，谈判当天，何应钦受到酒井隆极大的侮辱。9日，酒井隆等人要求会见何应钦，居仁堂的侍从人员送上茶点招待，没想到酒井和高桥竟摔掉茶点，高喊“我们不是为吃点心来的，快叫何应钦出来！”何应钦闻声出来，只见酒井隆盘着腿把鞋脱下搁在桌子上，用佩刀当手杖不停捣地作响，强迫何应钦签字。中方此时力不如人，相当被动，但何应钦也清楚，白纸黑字一签，出卖的主权就难有转圜余地了，故而死活就是不肯签字，双方就一直僵持着。后来多方进行解释后，酒井隆仍大为不满，临走前竟然在门前撒了泡尿。酒井隆这一行为令何应钦感到耻辱至极，同一天他会见冲野亦男时，不满地说：“这就是日本军人的礼仪吗？这难道就是日本的道义吗？”
何应钦
此事对何应钦刺激非常大，几天后便奉蒋之命离开北平南下，有人回忆说他是负气请求回京的。但“觉书”的事情还没完，处理此事，何应钦有一点比较坚定，即决定不在“觉书”稿上签字盖章，并令朱式勤将该稿退还高桥坦，同时将此事电告南京。蒋介石对何应钦拒绝盖印表示赞成，并嘱咐其断不能书面答复日方。依照蒋介石的指示，何应钦继续与日方周旋，先以口头转告的方式答复，但日方坚持要中方给出“书面通知”，又改为备忘录。双方几经周折，几易其稿，最终以打字函的形式回复日方：“六月九日酒井参谋长所提出之各事项，均予承诺之，并自主的期其遂行。”落款为“何应钦”。“何梅协定”最终只以一打印纸函的形式形成，并无正式文字协定，这也是何应钦晚年否认有这一协定存在的主要依据。
那段岁月里，无论在北平的何应钦、黄郛，还是南京的蒋介石，无人不痛苦。蒋在日记中悲愤写道：“为河北军队之撤换与党部之撤销，悲愤欲绝，实无力举笔，覆电妻乃下泪，彻夜未寐，如上天有灵，其将使此恶贯满盈之倭寇，不致久存于世乎！”蒋的日记一方面道出了他们这些当权者、当事人的无奈与痛苦，但也承认了“何梅协定”实质上的确让日军在继《塘沽协定》后进一步对中方的要求都得以实现，河北门户进一步洞开，中国主权遭到破坏，这些既成事实，外界称其为“国耻”亦不为过。