至于皖系段祺瑞的军队，就更加混乱了。事实上，段祺瑞对于诸多名义上属于皖系的军队和地盘，从未有过有力的控制。所谓的皖系军阀，更多的是将段祺瑞视为他们的盟主而已，当对己方有利时，诸多皖系军阀听从段祺瑞的命令，参加军阀混战，但一旦对其不利，他们就迅速背离。
也因此，当段祺瑞试图武力统一全国之时，包括皖系军阀在内的诸多军阀势力几乎矛盾重重，最终，在一片反对之声中，段祺瑞武力统一全国的梦想彻底破灭。也因此，深感手中无可靠部队的段祺瑞，才想先后训练了参战军和徐树铮编练的西北边防军，试图拥有一支属于自己的嫡系部队，只是最终没有成功而已。
因此，从民国成立一直到1928年张学良东北易帜，作为的"主角"，北洋军阀一共存在了16年之久。在这16年之间，除了前4年的袁世凯时代，北洋军阀之间，几乎从未停止过混战和纷争。由于利益之争，各个派系朝秦暮楚，各个势力忽起忽灭，城头变幻大王旗，也因此，根本数不清北洋军阀时期到底有多少个派系。
