事件背景：
无证从事摩托艇营运的22岁的吴黎宏与自动离职职工胡志瀚为还债和挥霍，开始密谋抢劫他人钱财，此后又纠集了无证从事个体摩托艇营运的余爱军。他们多次策划抢劫的时间、地点、对象、手段及抢劫后沉船杀人灭迹的方案，并准备了猎枪、子弹、炸药、斧头、匕首等凶器和其它作案工具。
1994年3月31日16时许，三人携带作案工具，从千岛湖镇西园码头乘摩托艇到湖中猴岛附近水域窥测目标，换上了事先准备好的作案服装。
17时30分许，湖上下起了毛毛雨，当开往毛竹源的“海瑞”号游船经过猴岛时，三人驾船尾随。到了阿慈岛附近水域，天黑了，雨越下越大，四下里没有其他过往船只。吴黎宏驾艇靠上“海瑞”号船尾右侧。余爱军和胡志瀚蒙面登上游船，此时约18时30分。余爱军手持猎枪冲到驾驶室，朝天开枪恐吓船员，将船员们赶入游船底舱。胡志瀚冲入中舱，一斧头剁在桌上，威胁游客：“把钱拿出来，不伤害你们生命！”
吴黎宏拴好摩托艇后，端着猎枪冲上游船，并鸣枪威胁，在他们的威逼欺骗下，6名船员、两名导游先到底舱；游客也被诱逼陆续交出钱物后下到底舱，胡志瀚持斧头守住底舱出口。
尔后，吴黎宏驾摩托艇、余爱军驾驶游船开至预定的沉船地点——黄泥岭水域深水区。途中，他同胡志瀚一起把通往底舱的铁梯扔进湖中。
在黄泥岭水域，吴黎宏登上“海瑞”号，用铁丝把底舱门拧死，又同余爱军将劫得的钱、物转移到摩托艇上，三犯便按预定沉船方案，打开游船上的消防栓，欲向底舱灌水，没有得逞。于是，吴黎宏向底舱投扔一包炸药，但未爆炸。此时，底舱的被害人意识到大祸临头，有的苦苦哀求放条生路，有的欲往上冲，有的往外扔压舱石。三名歹徒凶相毕露，向底舱连开数枪，又向底舱扔下两包炸药。爆炸声起，油柜边起火，吴黎宏从摩托艇上取来一桶汽油，向底舱倾倒。刹那间大火喷出底舱，四散蔓延，燎着吴黎宏、余爱军的头发。歹徒扔掉已燃烧的汽油桶，仓皇驾艇逃离现场，途中将斧头、匕首和作案时所穿的服装等扔进湖中。当夜三名案犯逃到胡志瀚暂住处，对劫得的钱、物进行分赃。
案情过程
1994年3月31日，24位台湾旅客乘坐“海瑞号”在千岛湖观光时，与6名大陆船员及2名导游，共32人在船舱内被烧死。浙江省公安当局坚称，这是“意外事故”，但在多番质疑后，当局直至4月17日承认观光船火灾是由歹徒登船抢劫并纵火造成。
4月1日上午，本来应该在3月31日晚间返航的海瑞号游轮被发现正在燃烧。当地民众一度误认为是火灾并马上报警。一开始警方在船上并没有发现游客或船员，淳安县政府组织警察、驻军和民众在千岛湖湖区进行搜索，但没有发现失踪人员。直到大火扑灭后，警方才在船舱的底舱中发现32具尸体。在之后案件侦办的过程中，当地公安机关没有及时对外界公布案情进程。外界认为，当地政府采取了封锁消息、控制新闻报道的模式对此事件进行隐瞒。
4月2日，浙江省杭州市警局安排法医对所有尸体进行检查。
4月4日，台湾罹难者之家属50余人抵达淳安县。中国的海峡两岸关系协会在多个城市开设接待处接待罹难者家属；同时，台湾的海峡交流基金会出面，要求能够派员协助罹难者家属前往出事现场处理善后，但被海协会婉拒。
4月6日，浙江省公安厅加入调查。
4月6日，浙江省政府延请杭州灵隐寺住持继云法师做超度法事，但是拒绝台湾家属探视遗体以及检阅验尸报告的请求，并在罹难者家属抗议声中，将罹难者遗体在桐庐县火化。当地罹难者骨灰由其本地家属安葬；台湾的罹难者骨灰则由家属带回台湾。
当地政府起初将此次事件谎报为一次游轮火灾之意外事件，这种说法引起了台湾的罹难家属和台湾各界的强烈质疑以及抗议，海外媒体也进行了各式各样的报道和猜测。
4月9日，时任台湾地区领导人的李登辉批评中国共产党“像土匪一样”。尘埃落定之后，有人将浙江省政府对该事件的不公开操作解读为“在未抓获犯罪嫌疑人之前公布案情不利于破获案件”；但也有人认为，这种操作实质上是黑箱操作，损害大陆政府的形象。另外，大陆警方欠缺科学办案能力，对出事的海瑞号清洗导致证据湮灭，也使现场遭致破坏而无法得到更进一步的犯罪线索。
4月12日，大陆海协会常务副会长唐树备在北京会见了台湾海基会副秘书长石齐平，声称此乃一“火灾事件”，并且强调大陆方面会全力做好善后工作。
台湾对此说明十分无法理解。认为当地政府处理此事时首先封锁消息然后固执己见，因而回应相当强烈。台湾“陆委会”于12日宣布“即日起暂时停止两岸文教交流活动”、“自5月1日起停止民众赴大陆旅游”。台湾当局经济部门停止审核批示赴大陆的投资案、台湾当局教育主管部门停止台湾和大陆之间的文教交流，旅行业也停止出团到大陆去旅游；可以说，海峡两岸之间的交流活动几乎全告中断。
4月15日，三名犯罪嫌疑人被传讯。
4月17日，浙江省公安机关宣布破案，公布是“特大抢劫纵火杀人案”，逮捕了三名嫌犯。台湾有人认为应该有军人涉案，21日大陆方面宣布的嫌犯之一是退伍军人，作案时身着无衔军装（文革时期直至1990年代中期，没有军衔的军装和军装样式的服装在普通大陆居民中很流行），另一嫌犯的哥哥是武警，涉嫌包庇嫌犯，但台湾罹难者家属仍质疑仅以三名人犯何以能制服32人造成死亡惨剧。
4月18日，当时的中国国务院总理李鹏发表谈话，对案件进行了说明。
5月8日，台湾海基会组团前往现场了解案情。海基会副秘书长许惠带6位鉴识、刑侦专家和法医、律师以及7位罹难者家属抵达杭州。
6月3日，杭州市检察院提起公诉。
6月10日，杭州市中级法院终审。在审理期间，海协会多次邀请海基会派员参观公审，终审前8日仍然再次联络台湾海基会人员，但已无人愿意配合演出，台湾罹难者家属也已无人愿意出庭背书，参观审讯过程。
6月12日，宣布判决结果，三名犯罪嫌疑人吴黎宏、胡志瀚、余爱军均以抢劫罪、故意杀人罪罪名被判处死刑，剥夺政治权利终身。
1994年4月1日清晨8时05分，浙江省淳安县公安局接到报案；8点30分赶到现场，开始搜救工作。 接着，淳安县腾出县船厂的车间暂存遗体，两辆大卡车昼夜不停地从杭州运来冰块为遇难者遗体防腐降温。 然后，淳安县城建公司请来了40多个木匠师傅，选用最好的木料，连夜加工了32具棺材。
4月4日，遇难台胞家属50余人赶到淳安县，与浙江省、杭州市的民政、旅游等有关部门共同协商处理善后事宜。经仔细核对及台胞家属的辨认，罹难台胞遗体得以认定。浙江方面请来杭州灵隐寺住持继云法师为遇难者做了法事，祭奠亡灵。
4月6日下午，在台胞家属的护送下，遇难台胞的遗体运抵桐庐县殡仪馆火化，骨灰由家属携回台湾。4月15日下午及晚上先后传唤了余爱军、吴黎宏。第二天，又传唤了胡志瀚。4月17日凌晨，余爱军、吴黎宏、胡志瀚先后交代了整个作案经过和作案动机，所谈细节与现场勘查得到的情况完全吻合。4月20日，吴黎宏、胡志瀚、余爱军被依法逮捕。
6月3日，杭州市人民检察院向杭州市中级人民法院就千岛湖抢劫、故意杀人案提起公诉。6月12日上午8时30分，杭州市中级人民法院宣布一审判决，以抢劫罪和故意杀人罪判处吴黎宏、胡志瀚、余爱军死刑。
官方态度
本报北京4月9日讯国务院台湾事务办公室负责人今天就浙江千岛湖3.31游船特大纵火杀人案发表谈话。
这位负责人说，3月31日浙江省千岛湖发生了游船纵火杀人案，24位来大陆旅游的台湾同胞和8名大陆同胞不幸遇难。国务院台办对遇难者表示哀悼，并向遇难的台湾、大陆同胞的亲属表示深切的慰问。
他说，国务院领导对这起特大纵火杀人案的处理非常重视。责成浙江省人民政府认真处理好善后工作并迅速交明事故原因。公安部、国家旅游局及浙江省方面迅速采取措施，认真地进行了现场抢险、勘察和遇难者遗体查找等工作。海峡两岸关系协会根据浙江省有关方面的通报，及时主动地向台湾的海峡交流基金会通报了有关情况。目前有关部门正在继续努力，进一步做好事故善后工作，深入调查事故原因，争取尽快查明后公布。
这位负责人指出，发生这一不幸的血案是我们两岸都不愿看到的。我们相信，广大台湾同胞理解大陆有关方面对处理此事故采取的措施和所做的努力。我们也愿意听取包括台湾同胞在内的各方面提出的积极建议和意见。我们希望台湾有关方面能够客观地、冷静地看待这一特大纵火杀人案，防止有人利用这一特大纵火杀人案制造不利于两岸关系发展的舆论与事端。
影响评价
千岛湖事件对当时的两岸关系造成重大冲击。案件在1994年3月31日发生前，台湾于2月底进行的民意测验中，认为“自己是台湾人”29.1%；认为“自己是中国人”24.2%；认为“自己既是台湾人又是中国人”43.2%；其余是不知道或拒答；“支持独立”12.3%；“支持统一”27.4%；“维持现状”44.5%；其余是不知道或拒答。
当案件发生后，4月底同样的民调显示，认为“自己是台湾人”增加为36.9%；认为“自己是中国人”减少为12.7%；认为“自己既是台湾人又是中国人”45.4%；其余是不知道或拒答，而“支持独立”增加为15.5%；“支持统一”减少为17.3%；“维持现状”54.5%；其余是不知道或拒答。
《联合报》1994年4月中的民调亦指，台湾赞成与非常赞成台湾独立的民众大幅升至42%。此一民调结果显示千岛湖事件之后，台湾民众对大陆的疑惑与不满，双方的交流一时之间也有冷却的现象。
有人对大陆政府在处理千岛湖事件时表现出意欲遮拦的行为表示不满，认为这已使台湾民众对大陆失望，导致两岸关系的紧张和倒退。也有人认为，当时大陆政府采取的不透明处理措施以及官僚作风，是导致台湾民众产生对大陆治安不良印象的重要诱因。
