閩浙總督姚啟聖在黃芳世死後，水師提督懸缺，必須要一位有才華的人來擔任 ，查歷任水師俱有將才者，發現在京為內大臣的施琅是一位人材，所以三度向清帝推薦施琅為水師提督。但是清廷對施琅的忠誠未能信服，因而沒有採納。在此期間清廷指派王之鼎、萬正色等為水師提督，直到施琅之姪施明良（請參閱p69）與養子施齊（後改名為施世澤）因陰謀挾持鄭經降清之計敗露，二人皆被斬後，清康熙帝方認為施琅與明鄭無瓜葛，才有復出的機會。
一六八一年（永曆三十五年、康熙二十年）五月閩浙總督姚啟聖認為是攻台最佳時間，因台灣鄭經病亡，內部政爭克杄被弒，主年幼，上下猜忌。此時姚啟聖第四度推薦施琅，姚啟聖之大力推薦主要原因是施琅將受其統轄，所以出征時，自己為主帥隨軍督戰，施琅為主將負責戰役，若戰勝則自己將得首功。
在一六八一年（康熙二十年）七月二十八日康熙下令「施琅出任水師提督、萬正色改任陸路提督」。十月初六施琅抵閩就任福建水師提都。
施琅到任後得知鄭氏政局不穩至極，只要稍加施力即可摧毀。進攻台灣應先取澎湖，取澎湖應由在南方的八罩島（今望安島）向北方的媽宮（馬公）進兵，所以必乘南風為宜。況且在一六六五年第一次攻台（請參閱p40）時乘北風率軍東指，途遇狂風，船隻受損，無功而返，這是讓施琅失去信任的重要理由，然後就冷凍十七年。
不久施琅即與上司兼推薦恩人姚啟聖發生衝突，衝突之因是施琅不願受制。 此時姚啟聖主張乘北風攻澎湖，因媽宮（馬公）之南無可泊船之處，而北方有許多島嶼可供停泊，所以由北方南下至媽宮，如此進退有據則勝仗可期。
次年（一六八二年）二月事有湊巧，在北京的翰林學士李光地（李光第） ，他是福建人，因請假送母回到福建興化黃石。施琅把握此機會與李翰林學士密議詳談，三月時經由李光地，施琅再度上書康熙皇帝此次為秘密進行，惟恐讓姚啟聖知道。書中說明北風不可用，又說姚啟聖是「生長北方，雖有經緯全才，汪洋巨浪之中，恐非所長」，建議由施琅「專統前進」。
當然將自已忠清之心，表達得淋漓盡致，同時也數落提拔的恩人姚啟聖，說他是不識水性，每次登船，就嘔吐頭暈，舉步艱辛。 五月施琅見船隻已齊備，準備乘南風東進，而姚啟聖堅持等北風來時出兵。為此雙方爭執表面化，因此延緩攻台時間。
七月施琅在閱讀邸報中發現有「提督稱南風不如北風」的句子，一時驚愕，原來姚啟聖也向皇帝上書。因此立刻提筆，再次上書。這次強調，南風是風輕浪平，將士無暈眩之患；並提及在一六六三年（康熙二年）再度攻陷廈門（請參閱ｐ39）之功勞。又說現年六十有二，若再加數年則將老而無能為。更恐後繼無人，同時也要求獨任的兵權。
十月二十日及十月二十八日清康熙皇帝下聖旨：
「進剿海寇，關係緊要。著該督、撫同心協力催趲糧餉，勿致遲疑。前姚啟聖具題功罪定例，交與施琅遵行…施琅相機自行進剿，極為合宜。」如此施琅取得攻台的專任獨佔權，也就是說將姚啟聖擺一邊。
聖旨到時，氣候已進入北風的冬季，攻台時間不得不再度延期。
雖然皇帝命令閩浙總督姚啟聖停止行動。但姚啟聖得知施琅對他射出暗箭，就改變策略想以「招撫」取代「戰爭」以免施琅奪得全功。
一六八二年十二月派遣黃朝用（請參閱ｐ66第十次的和議、招撫）到台灣向東寧王朝招撫，以「不剃髮，只稱臣納貢，照朝鮮事例。」為條件。黃朝用知劉國軒、馮錫範等以推拖無意和議，於是想回福州，此時東寧王朝派出天興州知林良瑞（林珩）與黃朝用一起先到金門之遼羅，欲見在廈門之施琅，而施琅拒之。於是再到福州面見姚啟聖。姚啟聖、喇哈達、金鋐等對東寧來使相當禮遇，並知會施琅一起來開會。當然姚啟聖將康熙皇帝的剿撫旨意解釋為以招撫為優先。 施琅並不來開會，回覆說「奉旨專征，撫不敢主。如有真誠向化，當必遵制削髮」。這樣二人意見不合，一撫一剿，各說各話，因此滿清與東寧和議未成。
一六八三年（永曆三十七年、康熙二十二年）七月八日（農歷六月十四日辰時），施琅率二萬多兵士及六百多艘戰船，從銅山出兵，進攻彭湖。 台灣方面由劉國軒統領鄭氏的部眾與東寧的水師，人數船隻均少。但在風櫃尾、四角山、雞籠嶼、牛心灣、虎井、桶盤嶼、媽祖宮各築炮台一座，東峙、西峙、內外塹各築砲台二座。
施琅對劉國軒的守備軍力的評估是「澎湖新舊炮船、鳥船、趕繒雙帆等船，共計有一百二十隻左右。劉國軒、林陞、江欽等共賊眾六千餘，內有家眷舊賊約二千名，其餘俱係無眷口新附之眾，私相偶語，提督不嗜殺人，只等大軍到，便瓦解歸順。」
英國人對此海戰其紀錄是： 鄭方海軍僅有四、五十艘戰船，糧食給與缺乏。
六月十五日晚清船停泊於八罩島（今望安島），十六日黎明清軍從南往北攻，當時正值南風季節，清軍居上風上流，施琅攻媽宮，被劉國軒射中右眼，並幾乎被生擒。六月十七日，清軍全部退回八罩島。十八日清軍進取虎井、桶盤兩小島。二十、二十一日，施琅故意用「老弱驕兵之計」，又令將領軍諸將姓名以大字寫在船帆上，以便遠處監視、觀察各將領的動向，又以東寧水師船少，故採用以眾擊寡的「五梅花陣」即是五艦結為一隊攻東寧的一艦。
六月二十二日，施琅將其水師分配為左、右兩翼及中央部隊，左右翼各有五十隻船，中央有大船五十六艘分為八股，每股七艘，分為三疊，二船為一疊，指揮船居中。尚有後援部隊計八十艘船，攻擊開始清軍皆以三疊為前進。一股攻蒔裡，直奪雞籠嶼、四角嶼;
一股直入牛心灣，奪砲台，中央五十六艘直撲媽宮。劉國軒亦下令在媽宮港內所有船隻前往迎敵。初台灣水師，略勝，清軍平陽總兵朱天貴戰死，海壇總兵林賢、興化總兵吳英皆傷。
施琅改變陣式取消分股戰，改為包圍戰，以多勝少。鄭軍呈劣勢，副提督江勝、左衛邱輝皆戰死，其他四十一名台灣將領陣亡，一百五十五名軍官投降，一百多艘戰艦全沈，四千八百名士兵投降。劉國軒在吼門淺礁無人防守之處，水漲風順衝險而出逃回台灣。
清軍損失卻是輕微，戰死三百二十九人，負傷一千八百名。
施琅善用心機，他發衣服與糧食給降兵，又醫治傷兵，對想回台灣的降兵，一律放行，並發榜安民，免三年賦稅和差役。消息傳到台灣，東寧軍民之士氣頓時瓦解。
施琅不惜以斬絕鄭氏遺脈，斷送明室復起之望，達到他復仇的目的，此時他也忘了是漢民族之一員。
姚啟聖於六月十四日在銅山送施琅後，沒有幾日就傳來澎湖大捷，十分後悔當時不應該聽從林寶的意見，林寶認為六月是有不測的颶風，澎湖山低矮難攻。所以沒有同施琅一起出征。
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